大明首都北迁后，南京附近的皇庄由于缺少皇族就近照应，所以两百多年下来，早就被地方豪强官绅给吞得差不多了。待得朱由栋准备南下时，万历皇帝叫来内官监的太监让其清查皇家在南直隶还有多少皇庄的时候，发现只剩下了七个皇庄，总共土地面积不到一万亩。
长叹了一口气的万历大手一挥：孙儿，这七个皇庄都给你了。你想怎么处置就怎么处置。
朱由栋来到南京后，首先需要解决的是生产基地和研发中心的问题。
医学研发中心暂时设在皇城里是可以的，但是火药、枪械、钢材、机械、化学、光学等诸多研发中心就必须要找远离城市的地方。但是呢，这些研发中心又不能离南京城太远，如此，朱由栋才能充分发挥穿越者的优势，时时亲临指导：具体操作他是做不了什么的，但至少可以保证大方向不会出错，科技树不会点歪。
所以，他的目光就定在了南京城南三十里的方山。
这山不高，海拔也就两百多米。但幅员较广，整个山体面积大约8.6平方公里。而且此山山顶是平顶不说，还紧靠秦淮河，交通也很方便。所以，朱由栋的计划是，山顶、半山腰做研发中心。山脚下作生产基地。
然后朱由栋就派曹化淳去和应天府谈，应天府一听？啊？上好的沿湖皇庄置换方山？这种好事不答应简直就是傻瓜嘛！成交！然后应天府以极高的效率责成下面的江宁县和高淳县完成了相关土地契约的办理。结果就是，二月初七曹化淳提出申请，二月十三全部手续就办理完成了。
而现在，四月初，方山生产研发中心已经拉出了第一批玻璃制品。再次扩大的磨镜师队伍，也按照朱由栋的要求，制作出了更好的望远镜和第一代显微镜。
至于崇明沙，就是后世的上海市崇明县。当然，现在是没有上海市的，未来面积达到1000平方公里，成为我国第三大岛的崇明岛也是没有的。现在长江口处，是以四个面积超过30平方公里的主要岛屿为主，并带诸多小沙岛的一串群岛。这四个主要岛屿，分别叫崇明沙、三沙、长沙、南沙。从行政区域来讲，此时的他们都属于苏州府管辖。