在一道白色的光芒中，未来终于回到了自己的年代。不过现在的战国却是出现了巨大的变故。
自从未来随着龙脉的光芒消失后，柱间在楼兰停留了一个星期，但是依然没有发现未来的踪迹。无可奈何之下，千手柱间只能离开楼兰。同时，未来消失于楼兰古国的消息在整个战国流传。
木叶首领的消失，不仅让木叶村开始慌乱起来，更是让某些忍族看到了扳倒木叶的机会。
未来消失一个月后，号称战斗种族的辉夜一族伙同一些中小忍族开始进攻木叶。同时，原本臣服于木叶的风魔一族倒戈，偷袭夺取了斜口岭，为辉夜一族进攻木叶提供了先机。
如今，木叶村正处于生死存亡之间。